Rintarou Okabe, un chercheur autoproclamé fou, et ses amis du laboratoire sont sur le point de découvrir des technologies révolutionnaires. Lorsqu'ils parviennent à inventer un dispositif qui peut envoyer des messages texte dans le passé, ils commencent à expérimenter et à en apprendre davantage sur les effets du voyage dans le temps. Cependant, leurs découvertes attirent l'attention d'une organisation dangereuse qui les poursuit pour leurs inventions. Les amis se retrouvent alors plongés dans une conspiration complexe alors qu'ils luttent pour protéger leurs découvertes et leurs vies.