Dans un monde où l'alchimie est une science avancée, les frères Elric tentent de ramener leur mère décédée à la vie à l'aide de l'alchimie. Cependant, leur tentative échoue et coûte à Edward Elric son bras et sa jambe, tandis que son frère Alphonse perd son corps tout entier, son âme étant attachée à une armure. Les frères décident alors de partir en quête de la Pierre Philosophale, un objet légendaire qui pourrait restaurer leurs corps. Leur voyage les conduit à découvrir une conspiration sombre et des secrets profondément enfouis concernant l'alchimie et le gouvernement.