Dans un futur lointain, l'humanité a colonisé plusieurs planètes et vit une vie dispersée. Spike Spiegel et Jet Black, deux chasseurs de primes désillusionnés, voyagent à bord du vaisseau spatial Bebop pour traquer les criminels. Ils sont bientôt rejoints par d'autres compagnons, dont Faye Valentine, Ed et Ein. Alors qu'ils poursuivent leurs proies à travers l'espace, ils sont confrontés à leur propre passé tourmenté et aux mystères du présent.